Hoe om die LOD telling te bereken

Die LOD telling, of logaritmes

conținut

Stappe
Metode 1wanneer die nageslag klein is
Metode 2wanneer die grootte van die nageslag groot is
Wenke
Dinge wat jy nodig het

van telling waarskynlikhede, dit is `n toets statistieke wat gebruik word in die genetiese koppelingsanalise. Die LOD telling vergelyk die waarskynlikheid van die verkryging van die toetsdata indien die twee loci gekoppel is aan die waarskynlikheid om die toetsdata te verkry indien die twee loci nie gekoppel is nie.

stappe

Prent getiteld Bereken LOD-telling Stap 1

Daar is twee gevalle om die LOD telling te bereken. Die mees gebruikte is wanneer jy `n klein aantal nageslag het. Gebruik dan die volgende metode wat genoem word "wanneer die grootte van die nageslag klein is". As die grootte van die nageslag klein is en jy glo dat die aantal rekombinante en nie-rekombinante wat presies die genetiese afstand tussen twee gene verteenwoordig (wat skaars is in die menslike genetika), gebruik die metode onder die titel "wanneer die grootte van die nageslag groot is" .

Metode 1
Wanneer die nageslag klein is

Prent getiteld Bereken LOD-telling Stap 2

Dit veronderstel `n sekere genetiese afstand tussen twee gene (tussen 0 en 0 en 50 cM). Gestel jy neem die genetiese afstand (r) as 0.1.

Prent getiteld Bereken LOD Punte telling Stap 3

Dit neem aan dat dit 13 mense het waarvan 2 rekombinante is. Die waarskynlikheid van nie-rekombinante sal 1-r = 1-0.1 = 0.9 wees

Prent getiteld Bereken LOD-telling Stap 4

As jy elke genotipe wil volg, verdeel dit met 2: (1-r) / 2 = 0,45. Die waarskynlikheid van die rekombinante sal r / 2 = 0.1 / 2 = 0.05 wees

Die waarskynlikheid van data as die twee gene gekoppel is ((r / 2) ^ R) * (((1-r) / 2) ^ NR) waar R = NR # rekombinante en nie-rekombinante = #. Dan is die waarskynlikheid van die data as die twee gene verbind is ((0.45) ^ 11) * ((. 05) ^ 2)

Prent getiteld Bereken LOD Punte telling Stap 4Bullet1

Die waarskynlikheid van data indien die twee gene nie gekoppel is nie, is (0.25) ^ (R + NR) = (0.25) ^ 13

Prent getiteld Bereken LOD Punte telling Stap 4Bullet2

Nou die logaritme van waarskynlikhede = (waarskynlikheid van data as die twee gene gekoppel is) / (waarskynlikheid van data as die twee gene nie gekoppel is nie). Dan is die logaritme van waarskynlikhede = ((0,05) ^ 2) * ((0,45) ^ 11)) / ((0,25) ^ 13) = 25,7

Prent getiteld Bereken LOD Punte telling Stap 4Bullet3

Die telling van die lêer sal log10 (25.7) = 1.41 wees.

Prent getiteld Bereken LOD Punte telling Stap 4Bullet4

Prent getiteld Bereken LOD Punte telling Stap 5

Herhaal hierdie proses vir r as 0, 0.01, 0.03, 0.05, 0.3 en 0.5.

Die maksimum waarde van die LOD telling wat u kry, is die korrekte antwoord. Die genetiese afstand wat u aanvaar het, is waarskynlik die huidige afstand tussen die twee gene wat van belang is.

Prent getiteld Bereken LOD Punte telling Stap 5Bullet1

Metode 2
Wanneer die grootte van die nageslag groot is

Prent getiteld Bereken LOD Punte telling Stap 6

Vestig `n stamboom vir twee plekke van belang. Hoe meer data jy versamel, hoe beter.

Prent getiteld Bereken LOD Punte telling Stap 7

Bepaal die aantal rekombinante en die aantal nie-rekombinante. Byvoorbeeld, dit word aanvaar dat allele A1 en B1 in plek 1 van een ouer kom, en allele A1 en B2 in plek 2 kom van die ander. Erfenis van A2B2 A1B1 of rekombinante nageslag is nie, terwyl erfenis van A1B2 of A2B1 progiene is rekombinante.

Prent getiteld Bereken LOD Punte telling Stap 8

Bereken die waarskynlikheid om die resultate te verkry as die twee loci gekoppel word. Dit word gegee deur ((R / (R + NR)) ^ R) * ((1- (R / (R + NR))) ^ NR), waar R = aantal recombinants, NR = aantal nie-rekombinante.

Byvoorbeeld, in die MNS-bloedgroepstelsel word M en S gekoppel, en N en S word gekoppel. Ons aanvaar dat in 100 ewekansige individue, 25 haplotypes het MS, MS 30 het haplotypes, 6 is NS haplotypes, en 39 het Ns haplotipo.Como M en S mense gekoppel en N ys gekoppel, MS en Ns is nie-rekombinante, en me en NS is rekombinante.

Prent getiteld Bereken LOD Punte telling Stap 8Bullet1

So het die getal van recombinants is = R 6 = 36 = 30 +, terwyl die aantal nie-rekombinante is = NR = 25 + 39 = 64. Die rekombinante frekwensie is R / (R + NR) = 36 / (36 + 64) = 0.36.

Prent getiteld Bereken LOD Punte telling Stap 8Bullet2

Die waarskynlikheid van die verkryging van die resultate in die veronderstelling dat die twee loci gekoppel word gegee deur ((0,36) ^ 36) * ((1- (0,36)) ^ 64) = 4,19187538 * 10 ^ -29.

Prent getiteld Bereken LOD Punte telling Stap 8Bullet3

Prent getiteld Bereken LOD Punte telling Stap 9

Bereken die waarskynlikheid om die resultate te verkry as die twee loci gekoppel word. Hulle word gegee deur 0.5 ^ (NR + R). In die vorige voorbeeld is dit 0,5 ^ (64 + 36) = 0.5 ^ 100 = 7.88860905 × 10 ^ -31.

Prent getiteld Bereken LOD-telling Stap 10

Die verdeling van die waarskynlikheid van die verkryging van die resultate in die veronderstelling dat die twee loci gekoppel (uit stap 3 hierbo), is die waarskynlikheid van die verkryging van die resultate in die veronderstelling dat die twee loci is ontkoppel (stap 4 hierbo). Byvoorbeeld, dit is gelyk aan 4.19187538 * 10 ^ -29 / 7.88860905 × 10 ^ -31 = 53.14.

Prent getiteld Bereken LOD Punte telling Stap 11

Neem die basis 10 logaritme van die vorige verwerf verhouding (stap 5). Byvoorbeeld, log 53,14 is 1,73.

wenke

Vir die interpretasie van die LOD-telling word `n LOD-telling van meer as 3,0 beskou as afleidingsbewyse. `N LOD telling van +3 dui daarop dat 1000 tot 1 waarskynlikhede dat die waargenome skakeling nie toevallig gebeur het nie. Aan die ander kant word `n LOD-telling van minder as -2.0 as bewys beskou om `n skakeling uit te sluit. In die vorige voorbeeld, die LOD telling +1.73, word die skakel aanvaar maar nie bevestig nie. Groter aantal data punte sal die LOD telling verhoog indien die koppeling deur analise bestaan.